Até pouco tempo considerava-se necessário e indispensável fazer a suplementação de flúor na forma de comprimidos ou gotas, quando da inexistência de fluoretação da água, ou quando da presença de flúor natural subótimo. Entretanto, com as mudanças de conceito a respeito de uma ação principal local do flúor, ainda não consolidada, o assunto tem suscitado dúvidas e incertezas. Em primeiro lugar, deve-se ressaltar que o flúor ingerido durante a formação dos dentes tem efeito. Entretanto, isto não está relacionado com a formação de fluorapatita, mas sim de esmalte com apatitafluoretada, que liberaria o flúor quando do fenômeno de desmineralização, funcionando, portanto, como um reservatório de flúor e sendo a primeira defesa do dente frente ao desenvolvimento da cárie. Além disso, haveria um efeito indireto do flúor sistêmico, tendo em vista o fato de que o esmalte de quem ingeriu água fluoretada apresenta menos carbonato (o qual deixa o dente menos solúvel ) do que o formado na ausência de flúor. Por outro lado, embora isto seja um fato, se o indivíduo que utilizou flúor sistêmico durante a formação dos dentes deixar de fazê-lo, o efeito será perdido. Portanto, a ação local (tópica) de ingestão freqüente de flúor é fundamental para garantir o efeito cariostático. Aí surgiria um dilema, ou uma pergunta: como compensar com método tópico, por exemplo, dentifrício fluoretado, o efeito sistêmico?  A explicação seria de que o uso de flúor sistêmico implica na utilização de uma única medida preventiva, enquanto que escovação com dentifrício fluoretado envolve o uso de flúor com controle de placa. Assim, quando uma criança escova os dentes,  embora dificilmente ela os limpe, a placa é pelo menos reduzida em espessura. Desse modo esperar-se-ia um sinergismo de efeito simplesmente porque a desmineralização do esmalte sob placas espessas é duas vezes maior que sob as finas. Isso é explicado do ponto de vista físico-químico devido ao menor produto iônico nas placas espessas e/ou porque a atividade remineralizante da saliva seria dificultada. Desse modo, quando uma criança escova os dentes, reduz placa e aplica flúor, o que compensaria a ingestão isolada de flúor.
Por outro lado, ao mesmo tempo que é difícil  entender a resistência das pessoas, quando da opção suplementos vs dentifrícios, há grande preocupação com o problema da fluorose dental. Sabe-se que crianças menores de 05 anos ingerem aproximadamente 30% da pasta por escovação. Entretanto, dados epidemiológicos atuais mostram que o risco de fluorose dental está mais fortemente associado aos comprimidos de flúor do que ao uso de dentifrícios fluoretados.